Trois fonctions majeures peuvent être identifiées  :

•    Fonction hydrologique  :
Les milieux humides sont des “éponges naturelles” qui reçoivent de l’eau, la stockent et la restituent. Lors d’épisodes pluvieux ou de crues, les zones humides se chargent en eau et la restituent progressivement au milieu naturel en période de sécheresse. Ainsi, ces réservoirs naturels servent à réguler et atténuer les crues en limitant leur amplitude, notamment en période hivernale. Elles permettent le soutien du débit des cours d’eau en période d’étiage et la recharge des nappes phréatiques tout au long de l’année.

•    Fonctions physiques et biogéochimiques (fonction qualité) :
Les zones humides sont des filtres naturels contribuant au maintien et à l’amélioration de la qualité de l’eau.
Elles retiennent ou éliminent les matières en suspension, les polluants tels que les métaux lourds ou les produits phytosanitaires. Leur efficacité est augmentée avec le temps de séjour de l’eau. Elles possèdent également un pouvoir de dénitrification et de déphosphatation via des processus chimiques qui permettent de dégrader l’azote et le phosphore de l’eau.

•     Fonction écologique (fonction biologique) :
Les zones humides constituent de véritables réservoirs de biodiversité. Ce sont des écosystèmes complexes et diversifiés qui sont essentiels aux cycles de vie de certaines espèces animales et végétales. Elles offrent en effet les fonctions essentielles à la vie que sont l’alimentation, la reproduction et la fonction d’abri, de refuge et de repos. À titre d’exemple, ces milieux accueillent 30% des espèces végétales remarquables et menacées et environ 50% des espèces d’oiseaux.